Причин масса:

1. Размер страницы уменьшается. Вы можете подумать, что это ерунда, когда css-файл весит 0,3 килобайта. Но когда его вес за 10-15 килобайт, то уже становится ощутимей каждый раз его загружать в составе страницы. Про javascript я уже не говорю, бывают просто огроменные скрипты.

2. Быстрые изменения. Если у вас на сайте нет движка, зато есть 50 страниц в html, то настоятельно рекомендую использовать внешние таблицы стилей (CSS). За один раз вы измените внешний вид всех страниц.

3. Делая внешние файлы, вы автоматически оптимизируете свою страницу для поисковых роботов. Ни для никого не секрет, что чем выше информация на странице - тем больше шансов, что её заметит поисковой робот.

4. С внешними файлами вы легко сможете найти информацию о стилях или javascript'aх. Всё структурировано.

Думаю, достаточно, чтобы понять, что внешние файлы стоит использовать.